Analisis Fragmen Co I mtDNA Homo sapiens dari GenBank NCBI

Abstract

Fragmen Co I mtDNA adalah fragmen penting yang mengkode CO I, subunit dari enzim sitokrom c oksidase yang penting dalam proses dan produksi molekul air pada makhluk hidup dan belum banyak diteliti pada manusia terkait dengan evolusi dan keberagamannya. Tujuan penelitian adalah mengetahui jarak genetik fragmen Co I mtDNA dan perbedaan struktur CO I pada manusia purba (manusia Denisova dan manusia Neanderthal) terhadap manusia modern. Penelitian dilakukan dengan metode Nei dan ANN menggunakan Microsoft Excel, MAFFT, Clustal Omega, dan MATLAB R2022b. Hasil perhitungan jarak individu menunjukkan nilai tertinggi 37 seperti pada individu dengan kode akses FN673705 terhadap KJ533545, sementara nilai terendah menunjukkan 0, seperti pada perbandingan individu dengan kode akses EF495217 dengan JF96859. Hasil perhitungan jarak populasi menunjukkan nilai tertinggi adalah 28,0591 pada populasi Denisova-Neanderthal, sedangkan nilai terendah adalah 0,2675 pada populasi Melanesoid-Mongoloid. Hasil ini menunjukkan bahwa pusat sebaran manusia adalah Denisova. Selanjutnya, perbandingan struktur protein CRS manusia modern (YP_003024028) dengan terhadap 12 jenis sekuen dari 9 grup kecil peptida pada pohon filogenetik menunjukkan perbedaan posisi pada urutan 3, 4, 46, 83, 146, 155, 414, 415, 452, dan 456. Hasil ini mengindikasikan bahwa selama evolusi manusia terjadi perubahan hidrofobisitas asam amino yang tidak signifikan.