PENENTUAN LAJU MUTASI DAN PUSAT SEBARAN FRAGMEN CYTOCHROME C OXIDASE SUBUNIT I (COI) mtDNA MAMMOTH DARI GENBANK NCBI

Abstract

Punah dan hidupnya mammoth tergantung pada asupan makanan sebagai sumber energi yang berupa adenosine triphosphate (ATP). Fragmen COI mtDNA adalah salah sati gen yang krusial sebagai penyandi protein COI, subunit enzim sitokrom c oksidase yang memproduksi ion hidrogen. Ion ini terhubung dengan pembentukan gradien ion hidrogen yang berguna memutar subunit-subunit enzim ATP sintase, suatu enzim yang berfungsi memproduksi ATP. Tujuan penelitian adalah mengetahui jarak genetik fragmen COI mtDNA dan perbedaan posisi mutasi asam amino pada mammoth (M. primigenius dan M. columbi) terhadap gajah (E. maximus dan L. africana). Penelitian ini dilakukan dengan metode Nei dan ANN menggunakan aplikasi Microsoft Excel, MEGA11, MATLAB R2020 dan Webserver MAFFT. Hasil perhitungan jarak individu tertinggi adalah 70 dengan kode akses DQ316069.1, KY616982.1, dan KY616974.1 dan jarak terendah adalah 0 pada perbandingan kode akses MW528259.1 dengan AP008987.1. Hasil perhitungan jarak populasi tertinggi adalah 66,0000 pada populasi Mammuthus columbi-Elephas maximus dan nilai terendah terletak pada populasi Mammuthus columbi-Mammuthus primigenius dengan jarak 10,3333. Perbandingan laju mutasi umur fosil terhadap jarak genetika populasi, laju mutasi mtDNA mammoth berkisar 248,10-183,44 tahun/mutasi yaitu antara Mammuthus primigenius terhadap Elephas maximus dan Loxodonta africana. Perbandingan struktur protein CRS YP_398756.1 (Mammuthus primigenius) terhadap masing-masing kelompok memperlihatkan perbedaan kode asam amino pada urutan 8, 122, 407 dan 488. Dimana terjadi mutasi significant dan mengubah sifat hidrofobisitas asam amino yang diduga sebagai penyebab punahnya Mammoth.

Kata kunci: Fragmen cytochrome C oxidase I, COI, Mammuthus primigenius, Mammuthus columbi, Elephas maximus, Loxodonta africana.