PENENTUAN LAJU MUTASI DAN PUSAT SEBARAN D-loop mtDNA ANJING (Canis lupus familiaris) DARI GENBANK National Center for Biotechnology Information (NCBI).

Abstract

Analisis sekuen D-loop mtDNA anjing (Canis lupus familiaris) dilakukan untuk mengetahui jarak genetika individu dan populasi, pusat sebaran serta laju mutasi. Penelitan ini dilakukan dengan cara mengkoleksi sebanyak 217 sekuen (27 fosil) mtDNA anjing dari GenBank NCBI. Data genetika geografi mtDNA anjing berasal dari tiga benua, pertama yaitu Asia, seperti Korea Selatan, Jepang, Saudi Arabia, China. Kedua yaitu Eropa, seperti Spanyol, Rusia, Italia, Swedia. Ketiga yaitu Amerika, seperti kanada dan USA. Selanjutnya dianalisis dengan menggunakan metode Spreadsheet, PHYLIP, dan ANN yang kemudian divisualisasi menggunakan MAFFT dan MatLab. Metode laju mutasi tentukan cara; umur sekuen fosil dibagi jumlah jarak populasi genetika populasi. Hasil menunjukkan bahwa jarak genetika terendah antar individu sekuen anjing dengan metode Spreadsheet adalah perbedaanya 0, dan pusat sebaran berada di USA dengan kode akses EU408251. Jarak genetika dengan PHYLIP adalah mirip 100%, terletak pada Jepang, USA, Swedia, China dan Korea selatan dan letak sebaran berpusat di USA dengan kode DQ480510. Analisis jarak genetika tertinggi antar populasi dengan metode Spreadsheet adalah di Italia (38 mutasi) dan sebagai pusat sebaran. Untuk jarak genetika populasi dengan metode ANN adalah di Italia (73,4192 mutasi). Selisih umur fosil (Italia-China) adalah 18.000-13.000 tahun lalu, maka berdasarkan metode spreadsheet (33 mutasi) dengan laju mutasi fragmen D-loop mtDNA anjing ditentukan berkisar (544,71-393,40) tahun/mutasi. Diharapkan kronologi sebaran anjing menjadi lebih jelas.