Isolasi dan Karakterisasi Gen Penyandi Rasa Pedas (AT3) pada Cabai Rawit Hiyung (Capsicum frutescens L.) Lokal Kalimantan Selatan

Abstract

Indonesia memiliki beragam kultivar cabai rawit (C. frustescens) dengan tingkat kepedasan yang berbeda. Hiyung adalah salah satu cabai rawit lokal unggul Kalimantan Selatan yang memiliki tingkat kepedasan tinggi, namun belum dikarakterisasi secara mendalam. Penelitian ini bertujuan untuk mengisolasi dan mengkarakterisasi gen penyandi rasa pedas, yaitu Acyltransferase-3 atau AT3, pada cabai rawit Hiyung lokal Kalimantan Selatan. Sampel DNA diisolasi dari daun Hiyung menggunakan protokol isolasi DNA komersial (GP100, Geneaid, USA), kemudian diamplifikasi menggunakan metode PCR dan primer spesifik AT3, yaitu: 5’-ATG GCT TTT GCA TTA CCA TCA-3’ (forward) dan 5’ –CCT TCA CAA TTA TTC GCC CA-3’ (reverse). Produk PCR kemudian dikirim ke 1st Base, Malaysia, untuk disekuensing menggunakan metode Sanger. Hasil sekuensing menunjukkan bahwa gen AT3 Hiyung memiliki panjang sekuen sebesar 432 bp, dengan kandungan GC 50,69%, 41 region polimorfik, 11 situs parsimony informatif, 30 situs tunggal, dan 1 indel (insersi-delesi). Hasil analisis filogenetik menunjukkan bahwa cabai Hiyung berada pada klade III bersama dengan cabai Tiung, C. chinense cultivar NMCA30036, C. rhomboideum, C. frutescens cultivar PI594141, dan C. annuum cultivar RNAky. Hasil penelitian ini diharapkan menjadi acuan penting dalam upaya pemuliaan cabai Hiyung pada masa mendatang.