Abstract:
Coronavirus disease (COVID-19) adalah penyakit menular yang disebabkan oleh Severe Acute Respiratory Syndrome Corona Virus 2 (SARS-CoV-2). Pada SARS-CoV-2, salah satu protein yang memiliki peran vital dalam proses replikasi dan transkirpsi adalah RNA-dependent RNA polymerase (RdRp). Inhibitor RdRp sangat diperlukan untuk diteliti terutama dalam identifikasi senyawa aktif di dalam sumber pangan masyarakat. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui karakteristik senyawa aktif golongan flavonoid dari daun katuk (Sauropus androgynus), menganalisis mekanisme interaksi (molecular docking) senyawa aktif tersebut terhadap protein RdRp SARS-CoV-2, serta membandingkannya dengan interaksi terhadap obat konvensional (favipiravir, remdesvir dan ribavirin). Analisa senyawa flavonoid menggunakan Liquid Chromatography-High Resolution Mass Spectometry (LC-HRMS). Metode penelitian dilakukan secara in silico dengan menggunakan software AutoDock Tools 1.5.7, AutoDock Vina v1.2.3, dan BIOVIA Discovery Studio Visualizer 4.1. Hasil penelitian menunjukkan bahwa senyawa flavonoid yang terdapat dalam daun katuk adalah afzelin, kaempferol dan trifolin. Afzelin memiliki binding affinity yang paling negatif (-7,677 kcal/mol) diantara ketiga senyawa flavonoid, diikuti dengan trifolin (-6,906 kcal/mol) dan kaempferol (-6,65 kcal/mol). Ketiga senyawa flavonoid tersebut (afzelin, kaempferol, trifolin) memiliki binding affinity yang lebih negatif dari ketiga obat konvensional (favipiravir, remdesivir, ribavirin). Daun katuk dapat dimanfaatkan sebagai obat herbal atau obat pelengkap untuk menangani COVID-19 karena memiliki afinitas yang baik terhadap RdRp SARS-CoV-2.
Kata-kata kunci: SARS-CoV-2, RdRp, flavonoid, binding affinity
