PENENTUAN LAJU MUTASI DAN PUSAT SEBARAN FRAGMEN CYTOCHROME C OXIDASE SUBUNIT I (Co I) mtDNA AUROCH DARI GENBANK NCBI

Abstract

PENENTUAN LAJU MUTASI DAN PUSAT SEBARAN FRAGMEN CYTOCHROME C OXIDASE SUBUNIT I (Co I) mtDNA AUROCH DARI GENBANK NCBI (Oleh Ainun Jariyah; Pembimbing: Tanto Budi Susilo; 2023; 52 halaman)

Auroch membutuhkan asupan energi yang cukup ketika bermigrasi, Adenosin Trifosfat (ATP) berperan dalam proses perubahan energi baik untuk menyimpan atau melepaskan energi dari tubuh. Tujuan penelitian adalah mengetahui jarak genetik fragmen Co I mtDNA dan pusat sebaran Auroch. Gen Co I mengkode protein pada subunit dari enzim yang berperan sebagai transpor elektron dalam proses transpor pada membran mitokondria, dan berperan penting dalam menghasilkan ATP. Sampel yang digunakan pada penelitian ini berjumlah 73 dari benua Eropa, Asia dan Afrika. Penelitian ini dilakukan menggunakan metode Nei dan ANN, dengan mengaplikasikan Microsoft Excel, MAFFT, UGENE dan MATLAB R2020b. Hasil perhitungan jarak genetik individu menunjukkan nilai tertinggi yaitu 20, seperti pada individu dengan kode akses MZ901672 terhadap MF667932, sedangkan nilai terendah menunjukkan 0, seperti pada perbandingan individu GQ129208 dengan MT576844. Hasil perhitungan jarak populasi menunjukkan nilai tertinggi adalah 5.8058 pada populasi Asia-Auroch, sedangkan nilai terendah adalah 0.1994 pada populasi Eropa-Afrika. Hasil ini menunjukkan bahwa pusat sebaran sapi berada di Asia. Selanjutnya, perhitungan laju mutasi menggunakan perbandingan umur fosil terhadap jarak genetika populasi asia adalah 1.160-258,36 tahun/mutasi. Perbandingan urutan asam amino (ADE05529) sebagai pembanding terhadap 3 jenis sekuen yang bermutasi menunjukkan perbedaan pada urutan 56, 407, dan 509. Perbedaan ini disebut sebagai missense mutation, yaitu perubahan susunan basa nitrogen yang menyebabkan asam amino pada rantai polipeptida berubah.

Keywords: Auroch, CO I, Fragmen Co I mtDNA